Das Flottenkommando untersteht dem Föderationsrat und dem Kommandierenden Admiral (KOMAD) und ist damit die oberste Instanz für die Einheiten der Sternenflotte.
Hauptaufgaben für das Flottenkommando ist das koordinieren der Einheiten, das vorbereiten und erteilen von Missionsbefehlen sowie die Personalverwaltung.